マイクロスコープと実体顕微鏡にはそれぞれ、メリット、デメリットがあります。
それぞれの特徴を理解して使い分ける必要があります。
本来、実体顕微鏡も英語で表記すれば、マイクロスコープとなります。
業界によっては、顕微鏡をマイクロスコープと呼ぶ場合もありますが、今回は単眼のデジタルマイクロスコープをマイクロスコープとしてご説明します。

マイクロスコープの選定の基準や方法は色々とあります。
１つの考え方ですが、3つのSTEPに分けて考えます。

＜STEP1＞　　基本システムの選択
＜STEP2＞　　解像度の選択
＜STEP3＞　　照明の選択